Pristanišče s svojo dejavnostjo predstavlja vir določene stopnje hrupa, ki pa se z oddaljenostjo od vira zmanjšuje. Znotraj pristanišča smo za najpomembnejše vire hrupa prepoznali kontejnerski, potniški in evropski energetski terminal.
Na raven hrupa pred stanovanjskimi objekti vplivajo še zunanji viri hrupa, kot so: ladijski privezi tik ob mestnem jedru, hrup mestnega jedra in obvoznice ter promet na hitri cesti in cesti proti Ankaranu.
Zato hrup z avtomatskimi merilnimi postajami merimo na mejnih točkah pristanišča.

Mejne vrednosti hrupa
Območje Luke Koper spada v IV. stopnjo varstva pred hrupom. Stanovanjski objekti v okolici se uvrščajo v III. stopnjo varstva pred hrupom v naravnem in življenjskem okolju.

V tabeli so navedene mejne vrednosti kazalcev hrupa, ki ga na določenem območju povzroča posamezni vir hrupa. 

Mejne vrednosti iz posameznega vira hrupa

Vir: Uredba o mejnih vrednostih kazalcev hrupa v okolju (Uradni list RS, št. 105/05, 34/08, 109/2009 in 62/2010)

Meritve hrupa so v letu 2008 pokazale manjši dvig vrednosti, ki je posledica gradbenih del pri podaljševanju prvega pomola (predvsem zabijanje pilotov) in širitve dejavnosti potniškega prometa (rušenje skladišč 7 in 8, povečanje števila potniških ladij).