Leta 1967, deset let po pričetku delovanja tovornega pristanišča v Kopru, je po novozgrajenem enotirnem železniškem odseku iz Prešnice do Kopra v pristanišče pripeljal prvi vlak.
Navezava na evropsko železniško omrežje je bila za Luko Koper pomembna razvojna prelomnica. V prvih desetih letih obratovanja je namreč večji del prometa med pristaniščem in njegovim zaledjem potekal s tovornjaki do najbližje železniške postaje na Kozini, kjer so blago naložili na vagone. Pretovor na Kozini je prevzela Luka Koper, ki pa s prihodki ni uspela pokriti stroškov dvojnega prekladanja, kar jo je finančno izčrpavalo.
V želji, da bi pospešili izgradnjo, projekt pri takratnih oblasteh namreč ni imel podpore, je investitorstvo nad izgradnjo 31,4 km dolge enotirne železniške povezave od Prešnice do Kopra prevzela Luka Koper. Gradnja se je pričela leta 1964. Dela so potekala počasi, zaradi pomanjkanja sredstev, gradnjo proge pa so ovirali tudi plazovi.
Odsek proge med Prešnico in Koprom ima značilnost gorske železnice, z zelo vijugasto traso in strmimi vzponi. Med Prešnico in Koprom je kar 116 prepustov, 9 mostov, 5 nadvozov, 15 podvozov in trije predori. Vlaki na progi ne morejo razviti večjih hitrosti, za premostitev strmih vzponov pa potrebujejo še dodatno vleko. Največje tveganje predstavljajo morebitne nesreče na progi, ki lahko pristanišče odrežejo od slovenskega in evropskega železniškega omrežja.
Proga je bila načrtovana kot industrijski tir za približno milijon in pol ton prometa letno. Skladno s večanjem prometa v pristanišču je rasel tudi obseg prometa po železnici. V lanskem letu so železniški prevozniki iz naslova pristaniškega pretovora po progi prepeljali že 11 milijonov ton blaga, kar je okrog 60 odstotkov celotne količine, ki jo v Luki Koper naložijo in razložijo z ladij. Če to primerjamo z letom 1970, je bila količina v letu 2014 kar sedem krat večja. Tovor po železniških tirih vozijo trije prevozniki: Slovenske železnice, Rail Cargo Austria in Adria Transport. Največji delež, torej 86 odstotkov prevozov opravijo Slovenske železnice.
Dobra železniška povezava ni pomembna za Luko Koper le z vidika povezanosti s svetom, ampak tudi z vidika notranje logistike. Na območju pristaniška je kar 30 km industrijskih železniških tirov, ki so speljani praktično do vseh operativnih obal in skladiščnih površin. Železniški prevozniki dostavljajo vagone v pristanišče do dogovorjenih primopredajnih mest, operativna ekipa notranjega železniškega transporta Luke Koper pa poskrbi za prevoz vagonov do nakladalno/razkladalnih mest. Pri tem uporablja tri lokomotive in štiri kombinirana cestno-tirna vozila. Lokomotive uporabljajo za premik vagonov med pristaniščem in tovorno postajo na Srminu ter za premik težjih vlakovnih kompozicij z rudami, energenti in kontejnerji. Kombinirana vozila pa služijo predvsem za premik posamičnih vagonov iz ene lokacije na drugo.
Pristanišče in železnica sta operativno in razvojno soodvisni. Enotirna železnica do Kopra je svojemu namenu dobro služila nekaj desetletij, ne bo pa kos ambicioznim načrtom Luke Koper. Brez sodobne in zmogljivejše železniške povezave z zalednimi trgi ti načrti niso izvedljivi. Zato je projekt izgradnje druga tira med Koprom in Divačo življenjskega pomena za razvoj edinega slovenskega tovornega pristanišča. Poleg tega bi projekt pozitivno vplival na razvoj logistike v Sloveniji, ta pa je, zaradi prečkanja najpomembnejših evropskih koridorjev, dodana vrednost naše države.
Ne glede na pomisleke nekaterih o višini investicije v drugi tir, so strokovnjaki na Ekonomski fakulteti v Ljubljani prepričani, da se investicija v železniško infrastrukturo splača. Vsak evro vložen v infrastrukturo naj bi namreč prinašal skoraj dva evra prihodkov. Vendar železniških tirov ne moremo gledati zgolj v luči ekonomske upravičenosti. Kje bi bila danes Slovenija, če ne bi Avstro-ogrska že pred več kot 150 leti zgradila železniški tir? Kaj bi bilo danes z Luko Koper, če ne bi pred 47 leti sama zgradila obstoječi tir? Kaj bo s koprskim pristaniščem jutri, če ne bomo gradili drugega tira? Slovenija bi najverjetneje postala slepo črevo Evrope, preko katerega se bodo valile kolone tovornjakov.