V julijsko številko Luškega glasnika, leta 1991, je Mirko Pavšič, takratni direktor finančno računovodskega sektorja zapisal: »Tudi če bodo spopadi dokončno prenehali, če se bo jugoslovanska vojska povsod umaknila v kasarne, če se bodo pričela politična pogajanja o reševanju jugoslovanske krize, nekaj je gotovo – poleg neposredne vojne škode, kjer je že ali pa bo do nje še prišlo, je bila z agresijo na Slovenijo narejena tudi neprecenljiva gospodarska škoda. Naša regija in naše podjetje ni doživelo vojnega razdejanja, toda porušeno zaupanje v varnost transportne poti je naredilo svoje. Prazni ali pa pol prazni privezi bodo v naslednjih mesecih zagotovo vsakdanja slika, posledice pa bomo čutili še naslednja leta.« Zgodilo se je prav to, pa čeprav posledice niso bile tako hude kot v pristaniščih južneje od nas. Rudi Dujc, takratni glavni direktor: »Kljub vojni smo uspeli v precejšnji meri nekako ohraniti zaupanje, oziroma prepričati ključne poslovne partnerje in tudi ladjarje, da v najtežjih trenutkih ne ukrepajo panično, da ne zapustijo naše luke in da malo počakajo, preden se odločijo, da bi spremenili luko in s tem transportno pot. V tem smislu nam je ogromno pomagala izjava slovenske vlade, podpisana s strani ministra za promet in zveze Slovenije, da je transportna pot preko naše luke in Slovenije varna.«
V letu 1990 smo pretovorili 5,5 mio ton, v letu 1991 pa je bilo prometa za skoraj milijon manj. Izgubo jugoslovanskega trga smo z vidika celotnega pretovora uspeli nadoknaditi na ostalih zalednih trgih v naslednjih petih letih, pri kontejnerjih pa smo potrebovali kar celo desetletje. Količino, ki je v letu 1990 znašala 94.767 TEU smo ponovno dosegli leta 2002.
Prva večja investicija po osamosvojitvi Slovenije je bila leta 1999 izgradnja garažne hiša za skladiščenje 3.350 avtomobilov. Po letu 2000 smo se posvetili najprej naložbam na drugem pomolu, po letu 2005 pa pričeli intenzivno pridobivati oz. posodabljati kapacitete na avtomobilskem in kontejnerskem terminalu.
Država Slovenija je leta 2008 s koncesijsko pogodbo Luki Koper, d. d., podelila 35-letno koncesijo za opravljanje pristaniških dejavnosti, vodenje, razvoj in redno vzdrževanje pristaniške infrastrukture na območju koprskega tovornega pristanišča, tri leta kasneje pa je z Državnim prostorskim načrtom za celovito prostorsko ureditev pristanišča za mednarodni promet zarisala meje bodoče širitve pristanišča. Strateški pomen transportne poti prek Kopra je leta 2013 priznala tudi Evropska unija, ki je koprsko pristanišče umestila v mediteranski in baltsko-jadranski evropski koridor.
Površina pristanišča se je od osamosvojitve Slovenije do danes povečala za skoraj 100 ha, dolžina operativnih obal za 1.150 m, zaprtih skladiščnih površin imamo danes za skoraj 155.000 m2 več. Na območju pristanišča smo zgradili 14 km novih železniških tirov, pretovor železniških vagonov pa povečali za trikrat. Skupni ladijski pretovor je danes za petkrat večji, promet kontejnerjev pa kar za petnajstkrat.